辅助核算功能是用友账务系统一大特点，已不再是单纯的账务核算，如建立辅助核算（客户、供应商、个人、部门、项目、自定义项）等业务，都是从企业经营管理的角度出发对企业进行财务业务管理。
以应收账款举例，将此科目辅助项选为“客户往来”标志，这种方式改变了手工账的处理模式，客户名称不再以下级科目的形式出现，系统单独设置了一个辅助库，将用户的所有客户在客户档案里建立，此档案包含多项信息，从客户的基本信息到信用度的设置，针对某一业务员管理某一客户，信息的详细化，为后期管理者查询各种数据提供了各种数据源，同时系统共内置的六大辅助栏目：包括日记账、银行账（为出纳提供了一个完整的管理环境）、客户往来（针对销售业务）、供应商往来（针对采购业务）、部门往来（针对企业三大费用，包括管理费用、产品销售费用、财务费用的分部门核算，可以有效控制支出）、个人往来（针对其他应收款个人借款进行管理），这些应用可以根据企业所关心的重点问题自由选择并组合使用，组合好的方案就是为各自企业所专门设置的，另外在讲解辅助账的过程中。
应主要演练辅助核算的账表：按部门查科目账，按科目查部门账，往来辅助账、综合辅助账。
以客户往来为例，
手工记账方式下，对客户往来的处理方法是具体客户、供应商名称设明细账，如：
1122 应收账款                                2202 应付账款
  112201 甲单位                               220201  甲单位
  112202 乙单位                               220202   乙单位
  112203 丙单位                               2220203   丙单位
  112299  某单位                              220299    某单位
采取这种科目结构，有两个缺点：一是单位数量较多时，科目结构非常庞大，不便于查询，同样的单位不同科目核算要重复输入，工作量太大；二是不便于分析统计，查询数据统计时只能按科目查询，不便于及时清理往来账，造成资金积压。
采用计算机记账，则改变了这种手工处理模式，客户、供应商不再作为明细科目出现。科目结构调整如下形式：
1122 应收账款            客户往来
2202应付账款            供应商往来
如用户想把应收账款按部门来管理客户，还可以将科目设为以下形式
1122应收账款
112201 单位应收           部门客户
部门信息设在部门目录
客户信息设在客户目录
进行上述设置后，就可以按部门查询某一客户。设成以上模式，在统计查询的时候，不但可以按科目查询单位账，还可以按部门、单位来查询统计
上面仅对999应收账款核算模式进行了简单的描述，与此相似，应付账款、其他应收、其他应付、预收、预付、管理费用、销售费用、财务费用都可以设置辅助项。
 
（1）凭证类别、外币汇率、结算方式
n  打开企业平台－基础设置－基础档案－〖财务〗菜单
Ø  同会计科目的设置类似，我们可以设置凭证类别、外币汇率、项目等。
（2）明细权限控制
n  操作：〖权限〗-〖数据权限分配〗
Ø  明细账科目权限设置可设置操作员对哪些科目具有查询权和制单权，制单科目权限设置可设置操作员对哪些科目具有制单权限。
Ø  注意：在演练〖数据权限分配〗功能时，必须事先设置该账套的操作员，一定要注意不能把操作员设置成在账套的“主管权限”，而要一项一项的设置权限。